Struktur Kurikulum SMP terdiri atas kelompok A, kelompok B, dan muatan lokal  sebagai berikut:

Muatan kurikulum dalam satuan Pendidikan memuat beberapa komponen antara lain muatan pembelajaran intrakurikuler, Kokurikuler (proyek penguatan Profil Pelajar Pancasila) dan ekstrakurikuler.

1. 1. Intrakurikuler

Intrakurikuler adalah  kegiatan pembelajaran untuk setiap mata pelajaran yang mengacu pada KI dan KD. Mata pelajaran yang diselenggarakan oleh SMP Yapis Biak adalah Pendidikan Agama dan Budi Pekerti, Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaran, Bahasa Indonesia, Matematika, Ilmu Pengetahuan Alam (IPA), Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS), Bahasa Inggris, Pendidikan Jasmani Olahraga dan Kesehatan (PJOK), Seni Budaya, dan  Prakarya. Muatan lokal di SMP Yapis Biak adalah Bahasa Arab.

Kegiatan pembelajaran intrakurikuler dilakukan dengan pendekatan mata pelajaran. Setiap mata pelajaran dirancang agar anak dapat mencapai kemampuan yang tertuang di dalam KI/KD. Setiap pembelajaran dilakukan terpisah antara satu mapel dan mapel lainnya. Tatap muka dilakukan secara reguler setiap minggu dari hari senin – sabtu, dengan jumlah jam tatap muka sesuai dengan yang ditetapkan oleh masing-masing satuan pendidikan berdasarkan ketentuan minimal dari pemerintah. Pembelajaran dilaksanakan mulai pukul 07.30 WIT. 1(satu) jam pelajaran tatap muka berlangsung selama 40 menit.

Prinsip pembelajaran intrakurikuler adalah :

1) berpusat pada peserta didik,

2) merupakan kegiatan utama,

3) terjadwal,

4) dilaksanakan guru mapel,

5) mencapai tujuan yang telah ditetapkan,

6) dilaksanakan di sekolah, dan

7) dilakukan penilaian.

Assesmen yang dilakukan adalah assesmen formatif, assesesmen sumatif lingkup materi, dan assesmen akhir sumatif. Assesmen formatif dilakukan setiap selesai pembelajaran untuk mengukur ketercapaian tujuan pembelajaran. Hasil dari assesmen formatif ini digunakan untuk perbaikan pelayanan pembelajaran dan dijadikan untuk diskripsi laporan hasil belajar. Assesmen sumatif digunakan untuk mengukur ketetuntasan lingkup materi. Hasil dari assesmen sumatif ini, baik sumatif lingkup materi maupun akhir semester dijadikan penentu nilai rapor peserta didik

1. Pengembangan Diri

Pengembangan diri adalah merupakan pelayanan bantuan untuk peserta didik baik individu maupun kelompok agar berkembang secara optimal dalam hubungan pribadi, sosial, belajar, dan karir, melalui proses pembiasaan, pemahaman diri dan lingkungan untuk mencapai kesempumaan perkembangan diri.

Tujuan pengembangan diri adalah membantu memandirikan peserta didik dengan memberikan kesempatan kepada mereka untuk mmengembangkan dan mengekspresikan diri sesuai dengan kebutuhan, bakat dan minatnya. Kegiatan pengembangan diri difasilitasi dan atau dibimbing oleh konselor, guru, praktisi, atau alumni yang memiliki kualifikasi yang baik berdasarkan surat keputusan kepala sekolah. Pola Pelaksanaan pengembangan diri dalam kegiatan pembiasaan:

1. Spontan: Kerja bakti, Bakti sosial, takziah, membiasakan 5S-1P ( Senyum, Salam, Sapa, Sopan, Santun dan Peduli lingkungan ), membuang sampah pada tempatnya, antri, mengatasi silang pendapat
2. Rutin: Membaca do'a, membaca buku bersama-sama dan mendengarkan lagu wajib nasional sebelum pembelajaran dimulai, apel pagi, tadarus selama 10 menit, sholat dhuha, sholat dhuhur berjamah, mendengarkan lagu-lagu daerah sebelum pulang, membaca yasin tahlil tiap hari jum’at dan pemeliharaan kebersihan serta kesehatan diri.
3. Keteladanan: berpakaian rapi, berbahasa yang baik, rajin membaca, memuji kebaikan dan keberhasilan orang lain, disiplin, datang tepat waktu.
4. Terprogram
   • Peringatan hari besar Nasional dan agama
   • Kegiatan ekstrakurikuler wajib dan Bimbingan Konseling ( BK )
   • Kegiatan Proyek Penguatan Profil Pelajar Pancasila

3. Proyek Penguatan Profil Pelajar Pancasila

Kegiatan projek profil dirancang terpisah dari intrakurikuler untuk menguatkan upaya pencapaian kompetensi dan karakter sesuai dengan profil pelajar Pancasila yang disusun berdasarkan Standar Kompetensi Lulusan. Pelaksanaannya dilakukan melalui tema dan pengelolaan projek berdasarkan dimensi dan fase.Tujuan pembelajaran projek tidak harus dikaitkan dengan tujuan materi pelajaran intrakurikuler

Metode yang digunakan berupa (1) mengasah kepekaan dan mengeksplorasi isu riil dan kontekstual dalam bentuk projek dengan bobot 20%-30% dari kegiatan pembelajaran, (2) memberikan ruang lebih banyak bagi peserta didik untuk bekerja mandiri dan fleksibel (3) dapat melibatkan masyarakat dan/atau dunia kerja untuk merancang dan menyelenggarakan projek. (4) bekerja secara kolaboratif dan terencana.

Bukti dapat berupa hasil produk/projek dan jurnal kerja yang fokus pada proses dan pencapaian tujuan projek. Sekolah menyediakan waktu khusus untuk peserta didik menunjukkan hasil projek melalui pameran/pertunjukan. Dilaporkan melalui rapor pada bagian tidak terpisah dengan intrakurikuler berupa nilai nilai sikap. Karena kurikulum pada SMP Yapis adalah merdeka belajar, maka kegiatan proyek dilakukan sebanyak 2 kali kegiatan.

Berdasar pada ketentuan di atas, SMP Yapis Biak dalam penggelolaan kegiatan proyek penguatan profil pelajar Pancasila di atur sebagai berikut:

1. Penunjukkan koordinator P5 dengan ketentuan tiap koordinator bertanggungjawab pada 3 kelas.
2. Sekolah menetapkan 2 untuk semua jenjang. Tema 1 : Suara Demokrasi, tema II : Kewirausahaan.
3. Koordinator menyiapkan modul tiap-tiap tema.
4. Pelaksanaan proyek dilaksanakan secara blok.
5. Kegiatan proyek profil pelajar Pancasila dilaksanakan dengan mengacu pada model pembelajaran berbasis proyek (PJBL). Langkah Kegiatan pembelajaran berbasis proyek ini antara lain: 1) Mengambil topik yang sesuai denga realitas dengan mentukan pertanyaan mendasar untuk memulai proyek;2) Mendesain pelaksaan proyek ;3) Menyusun jadwal proyek;4) memonitor peserta didik dan kemjuan proyek ;5) Menguji Hasil; 6) Mengevaluasi pengalaman yang sudah diperoleh oleh peserta didik.
6. Penilaian ditunjukan untuk mengukur pencapaian dimensi profil pelajar Pancasila dan dijadikan nilai sikap.

Berikut  adalah  contoh  Kegiatan  Proyek  Penguatan  Profil  Pelajar Pancasila yang dirancang SMP Yapis Biak.

4. Ekstrakurikuler

Kegiatan Ekstrakurikuler adalah kegiatan yang bertujuan memberikan kesempatan kepada peserta didik untuk mengembangkan dan mengekspresikan diri sesuai dengan kebutuhan, bakat, minat, setiap peserta didik sesuai dengan kondisi sekolah. Kegiatan pengembangan diri dibawah bimbingan konselor, guru, atau tenaga kependidikan yang dapat dilakukan dalam bentuk kegiatan ekstrakurikuler. Kegiatan pengembangan diri dapat dilakukan antara lain melalui kegiatan pelayanan konseling yang berkenaan dengan masalah diri pribadi dan kehidupan sosial, belajar, dan pengembangan karier peserta didik serta kegiatan ekstrakurikuler, seperti kepramukaan, kepemimpinan, kelompok seni-budaya, kelompok tim olahraga, dan kelompok ilmiah remaja. Ekstrakurikuler di SMP Yapis Biak terdiri dari:

1. Ekstrakurikuler wajib adalah Pendidikan Kepramukaan. Kegiatan Ekstrakurikuler yang wajib diselenggarakan oleh SMP Yapis Biak wajib diikuti oleh seluruh peserta didik yang pelaksanaannya di integrasikan di semua mata pelajaran.
2. Kegiatan Ekstrakurikuler pilihan adalah Kegiatan Ekstrakurikuler yang dapat dikembangkan dan diselenggarakan oleh SMP Yapis Biak dan dapat diikuti oleh peserta didik sesuai bakat dan minatnya masing-masing.