Sejak berdiri sampai sekarang SMP Yapis Biak Papua telah menjali kerja sama baik dengan sesama SMK maupun dengan pihak-pihak terkait demi menunjang optimalisasi proses belajar mengajar. Berikut ini adalah kerjasama yang dijalin antara lain dengan :
MKKS SMP Se-Kab. Biak Numfor
MGMP Guru-guru Mapel Adaptif dan Normatif dengan SMP lainnya di Kab. Biak Numfor meliputi Mata Diklat Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris dan Matematika.
PT Telkom Tbk, Langganan akses internet dengan kecepatan up to 20MBps.
SMP YAPIS BIAK-PAPUA